Początki działalności firmy sięgają 1990 r. i publikacji śpiewników oraz kaset magnetofonowych Jacka Kaczmarskiego. W listopadzie tego samego roku Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością "Pomaton" została oficjalnie zarejestrowana. Latem 1991 r. była jednym z współzałożycieli Związku Producentów Audio Video (ZPAV). W czerwcu 1993 r. podpisała umowę z EMI Music na wyłączne licencjonowane reprezentowanie EMI w Polsce.
EMI Music to jedna z największych firm fonograficznych na świecie, skupia w swoim katalogu artystów, takich jak The Beatles, Pink Floyd, Queen, Tina Turner i Joe Cocker. W styczniu 1995 EMI Music wykupił 51% udziałów Pomatonu, co spowodowało, że firma stała się częścią rodziny ponad 40 firm filii EMI. Od tego czasu fnosi nazwę "Kompania Muzyczna POMATON EMI".
Od 1995 r. POMATON EMI jest jedną z najlepszych i największych firm na polskim rynku fonograficznym. Współpracuje z nami wiele polskich gwiazd. W 13 -letniej historii firma sprzedała ponad 34.000.000 fonogramów, z czego połowa to albumy nagrane przez polskich wykonawców.